Los contaminantes son sustancias indeseables que conducen a la contaminación de otra sustancia o mezcla de sustancias. Según el Reglamento de Contaminantes de la UE, los contaminantes son sustancias que no se han añadido intencionadamente a los alimentos. Estas sustancias pueden estar presentes en los alimentos como resultado de factores ambientales o del proceso de producción. Si el alimento ha sido contaminado ambientalmente, se le llama contaminante ambiental. No obstante, la contaminación puede ser también un residuo resultante de la extracción, producción, transformación, preparación, tratamiento, presentación, envasado, transporte y almacenamiento del producto. Los contaminantes típicos incluyen metales pesados como el plomo, cadmio y mercurio, dioxinas, bifenilos policlorados, hidrocarburos aromáticos policíclicos, micotoxinas y otras toxinas ambientales. Los restos de insectos, caspa de mascotas, residuos farmacéuticos, pesticidas y otras impurezas no se consideran contaminantes. El término residuo se utiliza para las sustancias que se aplican intencionadamente a los alimentos pero cuyas cantidades máximas están controladas.