Als Mikrofauna oder Kleinstlebewesen bezeichnet man bodenlebende Organismen, die kleiner als 0,2 mm sind. Organismen, die größer sind, zählen zur Mesofauna. Zur Mikrofauna gehören etwa Mikroorganismen und kleine Nematoden sowie Rädertiere. Sie leben meistens saprophytisch oder als Bakterienräuber in den Porenräumen des Bodens. Die meisten Tiere der Mikrofauna können bei ungünstigen Lebensbedingungen Zysten ausbilden und so mehrere Jahre zu überdauern.
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