Als Humifizierung wird die Synthese stabiler Humussubstanzen im Boden bezeichnet. Sie erfolgt unter Mitwirkung der Bodenorganismen und ist Teil des Zersetzungsprozesses von Pflanzenresten. Der Aufbau von Huminstoffen kann erst erfolgen, wenn der mikrobielle Abbau so weit fortgeschritten ist, dass reaktionsfähige Spaltprodukte vorliegen, z.B. Monosaccharide, Peptide, Aminosäuren oder phenolische Bausteine. Wichtige Ausgangssubstanzen für die Humifizierung sind Cellulose und Lignin, die zu den Hauptbestandteilen pflanzlicher Zellwände zählen. Insbesondere Lignin besitzt eine hohe Abbauresistenz und kann nur von Weißfäulepilzen und Achnomyceten verstoffwechselt werden. Bei der Humifizierung wird organisches Ausgangsmaterial zersetzt und in amorphe, hochpolymere, dunkel gefärbte Huminstoffe umgewandelt. Sie werden vor allem im Oberboden angereichert und wirken sich positiv auf wichtige Bodeneigenschaften wie Fruchtbarkeit, Durchlüftung und Wasserhaushalt aus.