Als Metabolismus oder Stoffwechsel bezeichnet man die Gesamtheit der chemischen Prozesse in Lebewesen. Dabei wandelt der Organismus chemische Stoffe in Zwischenprodukte (Metaboliten) und Endprodukte um. Diese biochemischen Vorgänge erhalten und konstruieren die Körpersubstanz (Baustoffwechsel), dienen dem Energienachschub (Energiestoffwechsel) und damit der Aufrechterhaltung der Körperfunktionen. Wesentlich für den Stoffwechsel sind Enzyme, die chemische Reaktionen beschleunigen und lenken (katalysieren). Setzt der Körper fremde Stoffe um, die von außen aufgenommen wurden, spricht man auch von einem Fremdstoffmetabolismus. Der Umbau organismenfremder Stoffe in organismeneigene Stoffe heißt Assimilation. Das Gegenteil ist die Dissimilation; sie bezeichnet den Abbau organismeneigener Stoffe. Zum Stoffwechsel gehört auch die Umwandlung schädlicher Stoffe in ausscheidbare Stoffe (Biotransformation).
Pflanzen, Algen, einige Bakterien und Archaea betreiben Fotosynthese. Sie verwenden Lichtenergie, um Kohlenstoffdioxid, Wasser und andere Ausgangsstoffe in körpereigenes Material umzuwandeln. Dieses dient entweder unmittelbar dem Aufbau und Wachstum des Organismus, oder es dient als Speicherstoff, so z.B. Kohlenhydrate. Die Reservestoffe können später im Baustoffwechsel oder im Energiestoffwechsel verarbeitet werden. Sekundäre Pflanzenstoffe sind chemische Verbindungen, die von Pflanzen produziert, aber weder im Baustoffwechsel noch im Energiestoffwechsel benötigt werden.